El Centro Botín continúa y potencia el programa de Arte que la Fundación Botín desarrolla desde los años ochenta. La Comisión responsable de la programación está presidida por Vicente Todolí y formada por Paloma Botín, Udo Kittelman, Manuela Mena, Mª José Salazar y Bárbara Rodríguez Muñoz, directora artística del Centro Botín.

Tres son los ejes del programa artístico: formación a través de becas y talleres internacionales dirigidos por artistas de relevancia internacional; investigación del dibujo de los grandes artistas españoles de todas las épocas; y divulgación por medio de exposiciones internacionales producidas por la propia Fundación fruto de sus programas de investigación y formación.